環(huán)狀RNA芯片定制檢測服務(wù)

產(chǎn)品型號：

所屬分類(lèi)：芯片定制及檢測實(shí)驗

產(chǎn)品時(shí)間：2024-08-30

簡(jiǎn)要描述：收費標準/服務(wù)周期/提供結果:
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環(huán)狀RNA芯片定制檢測服務(wù)

實(shí)驗技術(shù)簡(jiǎn)介: 環(huán)狀RNA (ircRNA) 是區別于傳統線(xiàn)性RNA的一類(lèi)新型RNA,具有閉合環(huán)狀結構,大量存在于真核轉錄組中。大部分的環(huán)狀RNA是由外顯子序列構成，在不同的物種中具有保守性,同時(shí)存在組織及不同發(fā)育階段的表達特異性。由于環(huán)狀RNA對核酸酶不敏感，所以比線(xiàn)性RNA更為穩定， 這使得環(huán)狀RNA在作為新型診斷標記物的開(kāi)發(fā)應用上具有明顯優(yōu)勢。近來(lái)研究顯示，環(huán)狀RNA在不同物種中起到miRNA海綿的作用,稱(chēng)之為競爭性?xún)仍碦NA (ceRNA) ， 能競爭性結合miRNA。而與疾病關(guān)聯(lián)性miRNA的相互作用說(shuō)明環(huán)狀RNA對疾病的調控起著(zhù)非常重要的作用。

實(shí)驗操作流程:

1、樣品RNA抽提

2、RNA質(zhì)量檢測

①使用Nanodrop測定RNA在分光光度計260nm、280nm和230nm的吸收值，以計算濃度并評估純度。

②用甲醛電泳試劑進(jìn)行變性瓊脂糖凝膠電泳，檢測RNA純度及完整性。

③提供RNA QC報告。

3、RNase R處理

4、cDNA/aRNA樣品合成和標記

5、標記效率質(zhì)量檢測使用Nanodrop檢測熒光標記效率，標記效率合格以保證后續芯片實(shí)驗結果的可靠性。

6、芯片雜交

在標準條件下將標記好的探針和高密度基因組芯片進(jìn)行雜交。

7、圖像采集和數據分析

使用GenePix 4000B芯月掃描儀掃描芯片的熒光強度,并將實(shí)驗結果轉換成數字型數據保存，使用配套軟件對原始數據進(jìn)行分析運算。

8、提供實(shí)驗報告

①Scanning Image: Cy3熒光掃描圖像;

②Scatter Plot:散點(diǎn)圖，X軸為Control信號值，Y軸為Experiment信號值， 表示信號數據總體分布趨勢;

③Raw Data:探針的掃描熒光信號強度原始數據;

④Normalized Data:經(jīng)過(guò)統計學(xué)方法標準化后數值;

⑤P-value: T-test統計分析顯著(zhù)差異表達的基因，p-value越小， 該circRNA在兩組樣本間差異表達越顯著(zhù)

⑥significant Up & Down Regulated CircRNA List:顯著(zhù)差異表達的circRNA列表包含Fold Change, p-valuel以及circRNA的詳細注釋信息(相應的線(xiàn)性mRNA和miRNA結合位點(diǎn))。

客戶(hù)提供:

1、實(shí)驗對象為組織樣品，取適量(50-100mg) 新鮮組織樣品或正確保存的組織樣品，使用

BioPulverizer TM冰凍粉碎組織，加1m的RNA抽提試劑TRIzol (Invitrogen) ，使用Mini-Bead-Beater-16勻漿后抽提RNA。

2、實(shí)驗對象為細胞樣品，每份樣品取1x106~ 1x107細胞，加1m的RNA抽提試劑TRIzol (樣品為貼壁細胞，每10cm2培養皿TRIzo1使用量為1ml)，裂解后抽提RNA。

交付標準:

1、芯片檢測數據

2、完整的實(shí)驗操作規程、實(shí)驗報告(含軟件分析結果)以及實(shí)驗材料

實(shí)驗代做服務(wù)：